Analisis Bibliometrik Perkembangan Aplikasi DNA Barcode pada Tanaman Buah di Indonesia

Sumarlina Sumarlina; Tia Sofiani Napitupulu

doi:10.53863/kst.v7i01.1699

Penulis

Sumarlina Sumarlina Politeknik Negeri Jember, Jember, Indonesia
Tia Sofiani Napitupulu Politeknik Negeri Jember, Jember, Indonesia

DOI:

https://doi.org/10.53863/kst.v7i01.1699

Kata Kunci:

analisis molekuler, DNA barcode, keanekaragaman hayati, tanaman buah

Abstrak

Kajian keanekaragaman hayati dengan pendekatan molekuler telah banyak dilakukan, salah satunya dengan aplikasi DNA barcode. Sebagai negara megabiodiversitas, Indonesia memiliki banyak komoditas tanaman yang terus dikembangkan diantaranya tanaman buah. Kajian ini bertujuan untuk menganalisis perkembangan aplikasi DNA barcode pada tanaman buah di Indonesia dengan menggunakan metode studi literatur dengan pendekatan analisis bibliometric dan substansial. Kajian dilakukan melalui tiga tahapan utama yaitu pencarian literatur publikasi pada periode Tahun 2000 - 2025 dengan aplikasi Publish or Perish, analisis bibliometrik dengan VOSviewer, dan analisis substansial. Hasil kajian menunjukkan bahwa penelitian terkait aplikasi DNA barcode pada tanaman buah di Indonesia mengalami peningkatan jumlah dan keberagaman topik. Ada 4 klaster kata kunci yang terbentuk pada hasil visualisasi, yang menunjukkan pergeseran kata kunci dari fokus pada identifikasi karakter morfologi menjadi identifikasi berbasis molekuler melalui analisis DNA. Hal ini berkaitan dengan perkembangan teknologi dan metode analisis molekuler yang juga berkembang pesat. Lokus DNA barcode yang dikaji dapat berasal dari DNA inti maupun DNA kloroplas pada berbagai suku tanaman, dengan level taksa yang paling banyak dikaji ialah pada level marga dan spesies. Selain itu, pendekatan in silico yang memanfaatkan data sekunder DNA barcode juga telah banyak dikaji di Indonesia pada beberapa tahun terakhir

Referensi

Ali, M. A., Gabor, G., & Al-Hemaid, F. (2015). Plant DNA barcoding and phylogenetics. Lambert Academic Publishing.

Ali, M. A., Gyulai, G., Hidvegi, N., Kerti, B., Al Hemaid, F. M. A., Pandey, A. K., & Lee, J. (2014). The changing epitome of species identification–DNA barcoding. Saudi Journal of Biological Sciences, 21(3), 204–231.

Aprilyanto, V., & Sembiring, L. (2016). Filogenetik molekuler. Innosain.

Arif, S. M. (2013). Molecular phylogeny of selected mango cultivars based on internal transcribed spacer (ITS) region [Undergraduate thesis, Universiti Teknologi Malaysia]. http://eprints.utm.my/33228/

Aulia, A. (2022). Studi in silico potensi DNA barcode berbasis DNA kloroplas (CpDNA) untuk identifikasi variasi genetik Opuntia sp. Jurnal Syntax Admiration, 3(1). https://www.jurnalsyntaxadmiration.com/index.php/jurnal/article/view/512

Berry, J. O., Mure, C. M., & Yerramsetty, P. (2016). Regulation of Rubisco gene expression in C4 plants. Current Opinion in Plant Biology, 31, 23–28.

Chika, S., Meilina, T. D., Arfan, M. R., Febriana, A., & Mukaromah, A. S. (2024). Genetic variation of wax apple (Syzygium samarangense (Blume) Merr. & L.M. Perry) cultivar using internal transcribed spacer 2 (ITS2). Jurnal Biologi Tropis, 22(2), 153–165.

Fazekas, A. J., Burgess, K. S., Kesanakurti, P. R., Graham, S. W., Newmaster, S. G., Husband, B. C., Percy, D. M., Hajibabaei, M., & Barrett, S. C. H. (2008). Multiple multilocus DNA barcodes from the plastid genome discriminate plant species equally well. PLoS ONE, 3(7), e2802. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0002802

Gusmiati, L. H. (2018). Dinamika evolusi dan filogeografi pisang raja (Musa spp.) di wilayah Jawa Timur, Jawa Tengah, dan Jakarta berdasarkan daerah ITS (internal transcribed spacer). [Undergraduate thesis, Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang]. http://etheses.uin-malang.ac.id/id/eprint/13278

Heritiera, A. R. (2024). Variasi genetik dan hubungan kekerabatan melon (Cucumis melo L.) Indonesia berdasarkan intergenic spacer DNA kloroplas. [Undergraduate thesis, Universitas Gadjah Mada]. https://etd.repository.ugm.ac.id/penelitian/detail/235624

Ingkiriwang, M., Repi, R. A., & Nanlohy, F. N. (2018). Analisis filogeni molekuler tanaman pala (Myristica sp.) dari Tahuna menggunakan gen rbcL DNA kloroplas. JSME (Jurnal Sains, Matematika, dan Edukasi), 5(2), 137–144.

Irawan, P. D., Tallei, T. E., & Kolondam, B. J. (2016). Analisis sekuens dan filogenetik beberapa tumbuhan Syzygium (Myrtaceae) di Sulawesi Utara berdasarkan gen matK. Jurnal Ilmiah Sains, 16(1), 9–15.

Juliantari, E., & Sofiyanti, N. (2016). Analisis filogenetik Mangifera odorata Sumatera Tengah dan kerabatnya menggunakan gen rbcL. Jurnal Riau Biologia, 1(1), 14–21.

Kamaliah, M. S. (2020). Keragaman genetik jamblang (Syzygium cumini) di Aceh Besar menggunakan matK. [Undergraduate thesis, Universitas Islam Negeri Ar-Raniry]. https://repository.ar-raniry.ac.id/id/eprint/32638/

Lawodi, E. N. (2013). Variasi genetik tanaman tomat dari beberapa tempat di Sulawesi Utara berdasarkan gen matK. Pharmacon, 2(1), 23–30.

Lestari, D. A., Azrianingsih, R., & Hendrian, H. (2018). Filogenetik jenis-jenis Annonaceae dari Jawa Timur koleksi Kebun Raya Purwodadi berdasarkan coding dan non-coding sekuens DNA. Journal of Tropical Biodiversity and Biotechnology, 3(1), 21–32.

Magandhi, M., Matra, D. D., & Kusumo, Y. W. E. (2024). Analisis keragaman genetik durian kura-kura (Durio testudinarius Becc.) berdasarkan marka morfologi, DNA barcoding dan simple sequence repeat. AGRIKA, 22(1), 44–53.

Martiansyah, I. (2021). Mini review: Pendekatan molekuler DNA barcoding – studi kasus identifikasi dan analisis filogenetik Syzygium (Myrtaceae). Prosiding Biologi: Achieving the Sustainable Development Goals with Biodiversity in Confronting Climate Change, 187–195.

Meilina, T. D., Chika, S., Hariri, M. R., Febriana, A., & Mukaromah, A. S. (2024). psbA-trnH intergenic spacer profile of wax apple (Syzygium samarangense (Blume) Merr. & L.M. Perry) cultivars. Jurnal Ilmu Pertanian Indonesia, 29(2), 67–76.

Mursyidin, D. H., & Makruf, M. I. (2020). Keanekaragaman dan kekerabatan genetik Artocarpus berdasarkan penanda DNA kloroplas matK dan rbcL: Kajian in silico. Floribunda, 5(1), 31–39.

Murtadlo, A. A. A. (2018). Evolusi molekuler dan biogeografi pisang raja di Pulau Jawa berdasarkan gen rbcL (large subunit ribulose 1,5-biphosphat carboxylase/oxygenase). [Undergraduate thesis, Universitas Islam Negeri Maulana Malik Ibrahim Malang]. http://etheses.uin-malang.ac.id/id/eprint/13281

Muthi’ah, S. N., & Jannah, M. (2023). Analisis filogenetik pada spesies jeruk (Citrus sp.) berdasarkan sekuens ITS secara in silico. BIO-SAINS: Jurnal Ilmiah Biologi, 11(2), 105–112.

Nurbaiti, N., Roslim, D., & Herman, H. (2025). A DNA barcoding multilocus analysis in the Cucurbitaceae family. Jurnal Biologi Tropis, 22(1), 30–38.

Ode, F. N. V. (2021). Identifikasi morfologi dan molekuler mangga lokal (Mangifera spp.) di Kampus Tamalanrea Universitas Hasanuddin. [Undergraduate thesis, Universitas Hasanuddin]. https://repository.unhas.ac.id/id/eprint/10363/

Onuki, R. (2024). Karagaman morfologi dan genotip varietas tanaman stroberi (Fragaria spp.) di Desa Pancasari Kecamatan Sukasada. [Undergraduate thesis, Universitas Pendidikan Ganesha]. https://repo.undiksha.ac.id/id/eprint/18624

Retnaningati, D. (2017). Hubungan filogenetik intraspesies Cucumis melo L. berdasarkan DNA barcode gen matK. Biota: Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati, 13(1), 62–67.

Roslim, D. I., & Fitriani, A. (2021). Barkoding DNA pada tumbuhan durik-durik (Syzygium sp.) asal Riau menggunakan daerah gen ndhF. Jurnal Bios Logos, 11(2), 101–108.

S, P. F., Tasirin, J. S., & Wulandari, R. (2019). Pakoba genetic diversity: A preliminary study of pakoba diversity. Prosiding Seminar Nasional Masyarakat Biodiversitas Indonesia, 5(2), 477–481.

Suhardi, R. E., Fajri, H., Aditya, A. P., Vallahayil, F. A., Nawawi, H. H., Laut, B., & Tenggara, K. P. (2024). Phylogenetic analysis of the Dipterocarpaceae family in the peatland vegetation of Danau Sentarum National Park using in silico approaches based on matK sequences. Indonesian Journal of Biotechnology and Biodiversity, 10(1), 12–22.

Suriani, C., Prasetya, E., Harsono, T., Manurung, J., Prakasa, H., Handayani, D., Jannah, M., & Rachmawati, Y. (2021). DNA barcoding of andaliman (Zanthoxylum acanthopodium DC) from North Sumatra Province of Indonesia using matK gene. Tropical Life Science Research, 32(2), 77–86.

Turhadi, & Hakim, L. (2023a). Evaluasi lokus kloroplas untuk DNA barcoding pada marga Stelechocarpus (Annonaceae) secara in silico. Agro Bali, 6(1), 56–64.

Turhadi, & Hakim, L. (2023b). In-silico evaluation of chloroplast loci for DNA barcoding on genus Stelechocarpus (Annonaceae). CAB Abstracts. https://doi.org/10.5555/20230213622

Wangiyana, I. (2020). DNA barcoding library database of Aquilaria member and Gyrinops member. Jurnal Silva Samalas, 4(2), 93–101.

Zahro, L. (2023). Identifikasi Diospyros sp. (Ebenaceae) asal Sumatra koleksi Kebun Raya Bogor berdasarkan karakter morfologi dan molekuler. [Undergraduate thesis, Universitas Islam Negeri Walisongo]. https://eprints.walisongo.ac.id/id/eprint/21889/