Keanekaragaman Genetik Kerang Totok (Polymesoda erosa) di Sungai Donan Cilacap Berdasarkan Penanda RAPD
DOI:
https://doi.org/10.53863/kst.v2i01.22Keywords:
RAPD, Kerang Totok, Polymesoda Erosa, Sungai Donan Cilacap, Penanda RAPDAbstract
Abstrak Kerang totok (Polymesoda erosa) merupakan salah satu jenis kerang yang dimanfaatkan sebagai sumber makanan yang penting oleh masyarakat di sekitar pantai, termasuk di Sungai Donan Cilacap. Namun, habitat kerang totok mengalami pengurangan akibat overeksploitasi, pencemaran perairan dan sebagainya sehingga perlu adanya upaya pelestarian. Hal tersebut mendorong perlu dilakukannya penelitian tentang keanekaragaman genetic kerang totok. Penelitian ini dilakukan untuk pendapatkan primer yang menghasilkan marka RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) yang konsisten, memiliki pita polimorfik, dan mendapatkan informasi tentang keanekaragaman genetik kerang totok di Sungai Donan Cilacap. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan teknik pengambilan sampel secara incidental sampling. Data yang diamati mencakup karakter molekuler berupa marka RAPD yang diamplifikasi menggunakan 10 primer acak. Genom total diisolasi dari jaringan otot 17 individu kerang totok. Amplifikasi marka RAPD dilakukan menggunakan teknik PCR (Polymerase Chain Reaction). Metode analisis dilakukan secara statistic menggunakan AMOVA (Analysis of Molecular Variances) berdasarkan ada tidaknya pita DNA spesifik pada gel agarosa. Hasil penelitian menunjukkan bahwa delapan dari sepuluh primer terseleksi mampu mengamplifikasi marka RAPD serta menghasilkan pita polimorfik. Kedelapan primer tersebut adalah GEN-11, GEN-13, GEN-14, GEN-15, GEN-16, GEN-20, GEN-23, dan GEN-24. Analisis keanekaragaman genetik menunjukkan bahwa 25 marka RAPD yang dapat diamplifikasi menggunakan kedelapan primer tersebut memiliki nilai polimorfisme sangat tinggi, yaitu sebesar 100%. Besarnya nilai keanegaragaman genetik yang diperoleh adalah 1,000 ± 0,0202. Kata kunci : RAPD, Polymesoda erosa, Sungai Donan Cilacap, Keanekaragaman genetik.References
Daftar Pustaka
Aranishi, F. and T. Okimoto. 2004. Genetic relationship between cultured populations of Pacific oyster revealed by RAPD analysis. Journal of Applification Genetic 45 (4): 435-443
Asih, S. E., Nugroho, dan Mulyasari. 2006. Penentuan Variasi Genetik Ikan Batak (Tor sorro) dari Sumatera Utara dengan Metode Analisis Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Kumpulan Hasil Riset Tahun 2006. Balai Riset Perikanan Budidaya Air Tawar. Hal: 1-9.
Demeke, T. and R.P. Adams. 1994. The Use of PCR-RAPD Analysis in Plant Taxonomy and Evolution. p. 179-1 91. In H.G. Griffin and A.M. Griffin (Ed.). PCR Technology Current Innovations. CRC Press Inc., London.
Dinas Hidro-Oseanografi TNI AL. 2002. Alur Pelayaran Cilacap Jawa Pantai Selatan. Tentara Nasional Indonesia-Angkatan Laut, Jakarta.
Dudley, R. G, T. Nurhayati, H. Pamungkas, dan T. Nurcahyo. 2000. Segara Anakan Fisheries Management Plan. Segara Anakan Conversation and Development Project Components B and C. Consultan’s Report.
Fe´ral, Jean-Pierre. 2002. How useful are the genetic markers in attempts to understand and manage marine biodiversity. Journal of Experimental Marine Biology and Ecology 268: 121– 145.
Gimin, R., R. Mohan, L.V. Thinh and A.D. Griffiths. 2004. The relationships of shell dimension and shell volume ti live weight and soft tissue weight in the mangrove clam Polymesoda erosa (Solander, 1786) from northern Australia. NAGA, WorldFish Centre Quarterly 27: 32-35.
Hallden, C., N. O. Nilsson, I. M. Rading, and T. Sall. 1994. Evaluation of RFLP and RAPD markers in a comparison of Brassica napus breeding Lines. Theor. Appl. Genet 88:123-128.
Hauser, L., G.J. Adcock, P.J. Smith, J.H. Bernal Ramirez, and G.R. Carvalho. 2002. Loss of microsatellite diversity and low effective population size in an overexploited population of New Zealand snapper (Pagrus auratus). PNAS 99 (18): 11742-11747.
Hughes, A.R. and J.J. Stachowicz. 2004. Genetic diversity echances the resistance of a seagrass ecosystem to disturbance. PNAS 101 (24): 8998-9002.
Imron. 1997. Keragaman Morfologis dan Biokimia beberapa Stok Keturunan Induk Udang Windu (Penaeus monodon) Asal Laut yang Dibudidayaka di Tambak. Tesis. Program Pascasarjana IPB, Bogor.
Indriani, F.C., L. Soetopo, Sudjindro, dan A.N. Sugiharto. 2002. Keragaman genetik plasma nutfah kenaf (Hibiscus cannabicus L.) dan beberapa spesies yang sekerabat berdasarkan analisis isozim. Biosains 2 (1): 29 – 39.
Jones, C.J., K.J. Edwards, S. Castagiole, M.O. Winfield, F. Sala, C. van del Wiel, G. Bredemeijer, B. Vosman, M. Matthes, A. Daly, R. Brettsshneider, P. Bettini, M, Buiatti, E. Maestri, A. Malcevschi, N. Marmiroli, R. Aert, G. Volckaert, J. Rueda, R. Linacero, A. Vasquez, and A. Karp. 1997. A reproducibility testing of RAPD, AFLP and SSR markers in plants by a network of European laboratories. Molecular Breeding 3 (5): 382-390.
Ledig, F.T. 1992. Human impact on genetic diversity in forest ecosystems. Oikos 63: 87-108.
Nuryanto, A. and A.H. Susanto. 2010. Genetic variability of Polymesoda Erosa population in the Segara Anakan Cilacap. Biotropia 17 (1): 22-30.
O’Brien, S. J. 1994. A role for molecular genetics in biological conservation. Proc. Natl. Acad. Sci. 21: 5748–5755
Pharmawati, M. 2009. Optimalisasi ekstraksi DNA dan PCR-RAPD pada Grevillea spp. (Proteaceae). Jurnal Biologi XIII (1) : 12 -16.
Reed, D.H. and R. Frankham. 2003. Correlation between fitness and genetic diversity. Conservation Biology 17 (1): 230-237.
Rego, I., A.S. Martianez, A.G Lez-Tizoa N, J. Vieites, F. Leira, and J. Meandez. 2002. PCR technique for identification of mussel species. Journal of Agricultur Food Chemistry. 50: 1780-1784.
Salam, A.M.S. 1994. Keanekaragaman Genetik. Andi Offsset. Yogyakarta.
Schneider, S., D. Roessli, and L. Excoffier. 2000. Arlequin, version 2.0. University of Geneva, Geneva.
Solihin, D.D. 2006. Teknik Elektroforesis. Makalah Pelatihan Teknik Diagnostik Molekuler Untuk Peningkatan Produksi Peternakan dan Perikanan di Kawasan Timur Indonesia, PSHB 10-23.
Suryadi, H. 2002. Draft Dokumen IBSAP Bagian 3/8, Tinjauan : Keanekaragaman Hayati sebagai Aset Produktif Pembangunan Berkelanjutan. www. polarhome.com (email : nasional-a@polarhome). Diakases tanggal 18 Maret 2006.
Stepien, C.A., C.D. Taylor, and K.A. Dabrowska. 2002. Genetic variability and phylogeographical patterns of a nonindigenous species invasion: a comparison of exotic vs. native zebra and quagga mussel populations. Journal of Evolution and Biology 15: 314–328.
Tarpy, D.R. 2003. Genetic diversity within honeybee colonies prevents severe infections and promotes colony growth. Proc. R. soc. Lond. B 270: 99-103.
Thaewan-ngiw, B., Klibunga, S., Phanwichen, K., Sangduen, N., Lauhajinda, N. and Menasveta, P. 2004. Genetic diversity and molecular markers of introduced and native apple snails (genera Pomacea and Pila) in Thailand. Journal Biology Chemistry, Molecular Biology. 37, 493. Journal of Evolution and Biology 15: 314–328.
Walsh, P.S., D.A Metzger, and R. Higushi. 1991.Chelex 100% as a medium for sample extraction of DNA for PCR-based typing from forensic material. Biotechhniques 20 (4):506-513.
Williams, J.G.K., A.R. Kubelik, K.J. Livak, J.A. Rafalski, and S.V. Tingey. 1990. DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers. Nucleic Acid Research 18 (22): 6531-6535.
Yuwono, T. 2006. Teori dan Aplikasi Polymerase Chain Reaction. Andi. Yogyakarta, p. 1-3; 18-21.
Additional Files
Published
How to Cite
Issue
Section
License
Copyright (c) 2020 Pangeran AndareasAuthors retain copyright and grant the journal right of first publication with the work simultaneously licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 4.0 International License that allows others to share the work with an acknowledgment of the work’s authorship and initial publication in this journal
